Agenci Jay i Kay spotykają się ponownie, by stawić czoła złowrogiej uwodzicielce, która stanowi największe niebezpieczeństwo, z jakim kiedykolwiek musiała sobie radzić organizacja MIB w swej misji ratowania Ziemi przed mętami z kosmosu. W przeciągu czterech lat, jak minęły od czasu, gdy ci dwaj agenci po raz ostatni współpracowali nad odwróceniem od Ziemi widma zagłady, Kay rozkoszował się urokami życia zwykłego obywatela, a Jay przejął jego pozycje w firmie.