Dwaj skazańcy uciekają z więzienia na Florydzie. Przypadkowo spotkana policjantka próbuje ich powstrzymać, zostaje jednak rozbrojona i zabrana jako zakładnik do samochodu, którym uciekają więźniowie

Młody mężczyzna, Adam, budzi się przykuty do zardzewiałej rury w rozwalającej się piwnicy. Po drugiej stronie pokoju odkrywa innego przerażonego współ-uwięzionego człowieka. Jest nim dr Lawrence Gordon . Na podłodze pomiędzy nimi leży martwy człowiek w kałuży krwi, trzymający w znieruchomiałej ręce pistolet kaliber 38. Żaden z mężczyzn nie zna przyczyny swojego porwania, ale na pozostawionej mikrokasecie znajdują instrukcję, wg której dr Gordon ma zabić Adama w ciągu następnych 8 godzin.

Seth Brundley projektant systemów komputerowych, poznaje na spotkaniu prasowym Veronicę Quaife, dziennikarkę czasopisma "Particle Magazine". Zaprasza ją do laboratorium prezentując tam dwa sterowane komputerem "telepody", umożliwiające przenoszenie nieożywionych przedmiotów.

Agenci Jay i Kay spotykają się ponownie, by stawić czoła złowrogiej uwodzicielce, która stanowi największe niebezpieczeństwo, z jakim kiedykolwiek musiała sobie radzić organizacja MIB w swej misji ratowania Ziemi przed mętami z kosmosu. W przeciągu czterech lat, jak minęły od czasu, gdy ci dwaj agenci po raz ostatni współpracowali nad odwróceniem od Ziemi widma zagłady, Kay rozkoszował się urokami życia zwykłego obywatela, a Jay przejął jego pozycje w firmie.

Dla szeryfa Virgila Cole'a i jego zastępcy Everetta Hitcha metoda pracy jest jedna: strzelaj szybko, strzelaj celnie, od razu przeładuj. Bez uczuć, bo one mogą zabić. Rywale z "Historii przemocy": Ed Harris oraz Viggo Mortensen stają ramię w ramię jako przyjaciele, Cole i Hitch, mający zaprowadzić porządek w twardym niczym kula westernie dla twardych facetów, opartym na powieści Roberta B. Parkera.